Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl. a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom sex forskningsprogram: cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten. Institutionen omsätter omkring 550 miljoner kronor, varav ca två tredjedelar är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 400, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 850 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.uu.se/medarbetare/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Bakgrund
Flercelliga organismer består av vävnader med många individuella celler som kan skilja sig i tillstånd och funktion men ändå samverkar koordinerat. Cellernas beteende formas inte bara av deras inneboende egenskaper utan också av den lokala mikromiljön och den rumsliga kontexten, vilket är avgörande för att upprätthålla vävnadshomeostas. Att karakterisera den spatiala organisationen av celltyper i vävnader, både under fysiologiska och patologiska förhållanden, är därför centralt för biomedicinsk forskning.
Gen- och proteinuttryck används rutinmässigt för att definiera celltyp, funktion och tillstånd. Kartläggning av den spatiala fördelningen av RNA- och proteinuttryck – så kallad spatial omics – ger därför viktig information om vävnadsarkitektur och cellulära tillstånd.
Under de senaste åren har flera spatiala omics-teknologier utvecklats, särskilt för transkriptomik. Många metoder har dock begränsningar såsom låg känslighet och upplösning, höga kostnader, begränsad användarvänlighet och behov av avancerad utrustning, vilket hindrar bred användning i forskning och klinik.

Arbetsuppgifter
Det övergripande målet med detta projekt är att utveckla en ny spatial omik omics-metod för att profilera rumsliga spatiala signaturer av RNA och andra molekylära modaliteter markörer i vävnadssnitt. Tekniken är utformad för att möjliggöra mycket känslig spatial omik omics -profilering på enkelcellsnivå, med en sekvenseringsbaserad readout avläsning. Metoden bygger på ett enkelt arbetsflöde med kommersiellt tillgängliga reagenser, vilket gör den brett tillgänglig för forskningslaboratorier och i förlängningen underlättar översättningen av vetenskapliga framsteg till hälso- och sjukvårdsapplikationer.

Projektutvecklingen är uppdelad i två huvudkomponenter:
1. Våtlabbsutveckling Wet lab, med fokus på design, utveckling och optimering av teknikens underliggande kemi.
2. Beräkningsanalys, som omfattar utveckling av analytiska pipelines och kod för att bearbeta sekvenseringsdata och rekonstruera rumsliga spatiala kartor över genuttryck och andra omics omik-funktioner i vävnadssnitt.

Tekniken befinner sig fortfarande i ett tidigt skede, men vi har framgångsrikt validerat dess kärnkemi och etablerat ett proof-of-concept. Baserat på dessa resultat har vi tilldelats Uppsala universitets Innovationspris 2023, Vinnova “Framväxande Tekniklösningar” Steg 1 (2023) samt ERC Proof of Concept Grant 2026, vilket ger stöd för fortsatt utveckling och validering av tekniken. Med denna finansiering söker vi nu en skicklig forskningsingenjör för en tidsbegränsad anställning på ett år, med möjlighet till förlängning vid ytterligare finansiering. Under det kommande året kommer fokus ligga på att vidareutveckla och optimera metodens kemi med tekniker såsom PCR, qPCR, fluorescensmikroskopi, in situ cDNA-syntes och in situ PCR.
Projektledaren kommer att vara tillgänglig för diskussioner och idéutbyte, men den utvalda kandidaten förväntas arbeta självständigt, planera och genomföra dagliga experimentella aktiviteter, analysera resultat och bidra intellektuellt till projektets vetenskapliga riktning och utveckling.

Kvalifikationskrav
Kandidaten ska ha en masterexamen i molekylärbiologi eller ett närliggande område. Den ideala kandidaten har ett starkt intresse för metod- och teknikutveckling kopplat till next-generation sequencing nästa generations sekvensering samt en god förståelse för transkriptomik. Kandidaten bör kunna felsöka experimentella utmaningar, arbeta självständigt, ta initiativ och proaktivt driva projektets framsteg.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Meriterande erfarenhet inkluderar arbete med RNA, enkelcellssekvensering, spatial transkriptomik, cellodling, vävnadssnitt, fixering och permeabilisering av celler och vävnad, in situ PCR och in situ cDNA-syntes, fluorescens in situ hybridisering (FISH), fluorescensmikroskopi, qPCR och bibliotekspreparation för sekvensering. Förmåga att arbeta effektivt i en samarbetsinriktad forskningsmiljö är avgörande. Den utvalda kandidaten kommer att arbeta nära projektledaren. Ersättning utgår enligt Uppsala universitets riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, 12 månader. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Ammar Zaghlool, [email protected]

Välkommen med din ansökan senast den 17 april 2026, UFV-PA 2026/530

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.